Františkáni v Malackách pôsobili od 17. storočia. V kláštore mali aj školu, ktorej cieľom bolo najmä vzdelávať vlastných členov rádu, neskôr sa typ školy menil a právo študovať získali aj laici z verejnosti.

V roku 1927 sa im podarilo zriadiť gymnázium s právom verejnosti s názvom Súkromné gymnázium Rádu sv. Františka v Malackách. Gymnázium pod patronátom františkánskej rehole pôsobilo do roku 1945, kedy ako dôsledok poštátnenia cirkevných škôl začalo svoje pôsobenie štátne gymnázium.

V rokoch 1927-1945 františkánske gymnázium úspešne absolvovalo viac ako 500 študentov.  

Priaznivé obdobie pre pôsobenie cirkevných škôl vzniklo až po páde komunistického režimu. Nadviazať na tradíciu pôvodného gymnázia založením nového františkánskeho gymnázia sa podarilo v roku 1996. Zriaďovateľom novej školy s názvom Gymnázium sv. Františka Assiského sa stal Provincialát Rehole Menších bratov - františkánov.

Riaditeľom školy sa stal Dr. Alexander Hudáč, v tom čase predstaviteľ tretieho rádu františkánov. V roku 1999 na miesto riaditeľa nastúpila Mgr. Marta Šimková.

Prvé maturity sa konali v máji 2000. Odvtedy má škola približne 300 absolventov, z ktorých mnohí pokračovali v štúdiu na vysokých školách.